女房気取りの櫛巻お藤、息子気取りのチョビ安に囲まれて、鼓の与吉などと賭場通いを続ける丹下左膳は或る日、盲の娘お光をやくざの手から救った。お光は作爺と呼ばれる彫刻師作阿弥に育てられていた。お光の目が百両あれば治せるという話を聞いて左膳は百両集めにひたむきになった。その頃、日光東照宮御修築奉行が伊賀の柳生対馬守に決まった。幕府隠密総取締の愚楽老人や大岡越前守らが柳生家に名宝こけ猿の壷ありとみて善意から推薦したのだったが、実際の柳生家は裕福でなくしかも対馬守の清廉な性質のため、収賄好きの老中本多淡路守に嫌われ腹心の別所信濃守を副奉行として対馬守を苛め始めた。対馬守の弟で伊賀の暴れん坊源三郎は、司馬道場の娘萩乃と婚約していたが兄の身を心配していた。その萩乃に師範代の峰丹波が邪恋を抱いていた。淡路守と信濃守は黄金の神馬を作ると称して対馬守に金策を命じ、その実木馬を作って対馬守に詰腹を切らせようとした。これには源三郎の動きが邪魔であった。峰丹波では源三郎を倒せないと知って彼らは左膳を百両で殺し屋として雇った。日光へ発った源三郎を追って、左膳は百両を医師道庵に託して発った。日光へ着いた左膳は与吉の手引きで源三郎と対決した。その時丹波が萩乃を縛り短刀をつきつけて現われた。源三郎は刀を捨てた。仲間の汚いやり方に左膳は丹波を倒し萩乃を救った。左膳と源三郎は手を握りあった。一方、お光の目の手術は成功したが、神馬を彫らせるため淡路守はお光と作阿弥を日光に拉致し、お光を人質として作阿弥に神馬を作らせた。完成した後、証拠イン滅を計って二人を殺そうとしたが、お光が対馬守の隠し子であると聞いて殺害を延期した。大岡越前守、愚楽老人の秘かな努力で十万両の金策ができた。対馬守が日光に到着する日、信濃守はお光をおとりに対馬守殺害を企んだ。与吉からこの総てを知った源三郎と左膳は、信濃守の罠の中におどり込んだ。その修羅場へ、奉行大岡越前守も役人を従えてのりこんで来た。左膳と源三郎の剣に、悪人は次々と倒されていった。

享保十五年、将軍家の日光御廟御修復の任が柳生藩に命じられた。柳生藩の当主対馬守や源三郎、源之丞兄弟はその莫大な費用の捻出に、百歳を超える一風宗匠に智恵を借りに出かけた。「柳生家には千万両の財宝あり」との一風の答え。その所在は伝家の名刀乾雲丸にしるしてあるという。しかし、時すでに遅く乾雲丸は司馬卜伝の娘萩乃の婚姻の引出物として江戸にとどいているころだった。柳生藩の急場を救うため源之丞が江戸へ向ったが、事情をうちあげない源之丞に怒った卜伝は司馬、柳生両家の試合で解決を迫った。源之丞の力は勝ち、約束通り乾雲丸を手にした時「待った」の声とともに現われた隻眼隻手の怪剣士丹下左膳。左膳は偶然会った萩乃の清純な美しさに惹れてやって来たのだ。源之丞に勝負を挑む左膳、飛ぶ柳生の秘剣天狗抄飛切りの太刀、一瞬早く左膳の濡れ燕の豪剣が源之丞の左腕へ……源之丞を破った左膳は娘とひきかえにと、乾雲丸を奪い去った。源之丞は刀の秘密を卜伝に打明けたが、それを盗み聞きしたお蓮と師範代峰丹波は、道場を乗取るため第一の手段として卜伝を毒殺した。その頃、江戸には喜多川頼母が倒着し、乾雲丸と一対の小刀坤竜丸二刀が揃って初めて秘密が分ることを源之丞に知らせた。それを聞いた老臣田丸主水正は愕然とした。そして、あわてて左膳のもとにかけつけた。が萩乃は丹波の手より左膳に救われ竜泉寺に難をさけていた。そこで和尚から先代の住職が門前で捨子と一緒に拾ったという坤竜丸を見せられた。一方萩乃は主水正から対馬守の書状を読まされた。そこには三十年前源三郎とは双子の兄弟があり、捨児として守刀に坤竜丸をつけ竜泉寺に捨てたことが記されており、その在りかを捜す様に書かれていた。主水正は左膳の顔を見て愕然としたという。果して左膳とは何者か？　乾雲・坤竜二刀の争奪は波乱に波乱を呼ぶ。

時は八代将軍・徳川吉宗の世。隻眼隻手の怪剣士・丹下左膳は、ひょんなことから柳生藩主の弟・柳生源三郎が無くしてしまった“こけ猿の壺"を手に入れたことから、源三郎と意気投合。だが、この天下の名宝には、柳生家の秘宝の地図が隠されていた。それをめぐって幕府の陰謀が渦巻く中、やがて大争奪戦が巻き起こり・・・。 　　愛刀・濡れ燕を持って暴れまくる隻眼隻手の怪剣士・丹下左膳に、大友柳太朗が扮して好演。後にシリーズ化されるほどのハマリ役となる。その他、柳生源三郎に大川橋蔵が扮するほか、美空ひばり、松島トモ子、東千代之介、月形龍之介、大河内傳次郎ら花形スターが総出演。 　　林不忘原作による奇想天外、千変万化のストーリーは、まさしく大衆時代劇の最高峰として数多く映画化されてきたが、本作は最も原作に忠実に映画化した「決定版」として群を抜いている。

平侍出身、独眼的剑豪丹下左马之介（森山未来 饰），奉相马家当主大膳亮（每熊克哉 饰）之命，前往江户小野冢道场夺取传说中的一对妖刀“乾云丸”与“坤龙丸”。他怀着忠义之心拼死挑战，却在激烈战斗中失去了右臂。幸运的是，他得到通缉犯阿藤（黑木华 饰）与与吉（加藤谅 饰）的救助，奇迹般地活了下来，化名“丹下左膳”获得重生。此后，围绕妖刀的阴谋不断蔓延，敌人接连出现，就连町奉行大冈忠相（高桥克典 饰）也被卷入其中——一场关乎忠义与命运的江户风云就此拉开帷幕。

小野塚鉄斎道場に忍びこんだ丹下左膳は、名刀乾雲を奪って逃走した。鉄斎は左膳の一刀を浴びて重傷、左膳も右眼を傷ついた。鉄斎の娘弥生は父の高弟諏訪栄三郎を頼りなしとして、自力で仇討ちを誓った。相馬藩主中村大膳は、古刀集めに異常なまでに執念を燃やしていた。ために、家臣の丹下左膳を脱藩させ小野塚道場へ忍びこませたのだ。左膳が乾雲しか奪えなかったことを知った大膳は、渡辺三郎とその門下を呼び寄せ鉄斎道場を襲わせることにした。この相馬藩の動きを隠密蒲生泰軒から知った南町奉行大岡越前守は、相馬藩士を捕えて一騒動越すより、左膳一人を捕えて全てをおっ被せようと、もみ消し戦法に出ようとしていた。一方、落ちぶれた直参旗本鈴川源十郎は、スリのお藤や鼓の与吉を使って刀を奪い一儲けを企んでいた。だが、お藤は、左膳の窮状を知ってだんだん左膳に惹かれていった。左膳は、渡辺一門の江戸出府を知って鉄斎道場に殴り込んだ。坤竜を手尾よく奪ったものの、左膳は弥生の短刀に右腕を刺され、越前守輩下に捕われた。坤竜は与吉から大膳に渡された。左膳は大膳の裏切りによって斬首と決ったその晩、お藤と与吉によって救い出された。左膳の右手はくさっていたため、与吉に依って切断された。それから、左膳は片眼片腕を直すことに専念した。そんな頃、鉄斎が死んだ。左膳は名刀二振りを大膳から奪い返し、鉄斎の位牌に捧げることを誓った。左膳は密かに弥生に恋していたのだ。それを知ってお藤は大膳の屋敷に忍び込み、乾雲坤竜を盗まんとしたが、捕えられた。与吉からこれを聞いた左膳はお藤救出に与吉と共に大膳上屋敷に殴りこんだ。与吉の協力を得て、左膳は刀とお藤を奪った。刀は弥生に届けられ、左膳はお藤を伴うと威飄然と江戸を去っていくのだった。

小野塚鉄斎道場に忍びこんだ丹下左膳は、名刀乾雲を奪って逃走した。鉄斎は左膳の一刀を浴びて重傷、左膳も右眼を傷ついた。鉄斎の娘弥生は父の高弟諏訪栄三郎を頼りなしとして、自力で仇討ちを誓った。相馬藩主中村大膳は、古刀集めに異常なまでに執念を燃やしていた。ために、家臣の丹下左膳を脱藩させ小野塚道場へ忍びこませたのだ。左膳が乾雲しか奪えなかったことを知った大膳は、渡辺三郎とその門下を呼び寄せ鉄斎道場を襲わせることにした。この相馬藩の動きを隠密蒲生泰軒から知った南町奉行大岡越前守は、相馬藩士を捕えて一騒動越すより、左膳一人を捕えて全てをおっ被せようと、もみ消し戦法に出ようとしていた。一方、落ちぶれた直参旗本鈴川源十郎は、スリのお藤や鼓の与吉を使って刀を奪い一儲けを企んでいた。だが、お藤は、左膳の窮状を知ってだんだん左膳に惹かれていった。左膳は、渡辺一門の江戸出府を知って鉄斎道場に殴り込んだ。坤竜を手尾よく奪ったものの、左膳は弥生の短刀に右腕を刺され、越前守輩下に捕われた。坤竜は与吉から大膳に渡された。左膳は大膳の裏切りによって斬首と決ったその晩、お藤と与吉によって救い出された。左膳の右手はくさっていたため、与吉に依って切断された。それから、左膳は片眼片腕を直すことに専念した。そんな頃、鉄斎が死んだ。左膳は名刀二振りを大膳から奪い返し、鉄斎の位牌に捧げることを誓った。左膳は密かに弥生に恋していたのだ。それを知ってお藤は大膳の屋敷に忍び込み、乾雲坤竜を盗まんとしたが、捕えられた。与吉からこれを聞いた左膳はお藤救出に与吉と共に大膳上屋敷に殴りこんだ。与吉の協力を得て、左膳は刀とお藤を奪った。刀は弥生に届けられ、左膳はお藤を伴うと威飄然と江戸を去っていくのだった。

平侍出身、独眼的剑豪丹下左马之介（森山未来 饰），奉相马家当主大膳亮（每熊克哉 饰）之命，前往江户小野冢道场夺取传说中的一对妖刀“乾云丸”与“坤龙丸”。他怀着忠义之心拼死挑战，却在激烈战斗中失去了右臂。幸运的是，他得到通缉犯阿藤（黑木华 饰）与与吉（加藤谅 饰）的救助，奇迹般地活了下来，化名“丹下左膳”获得重生。此后，围绕妖刀的阴谋不断蔓延，敌人接连出现，就连町奉行大冈忠相（高桥克典 饰）也被卷入其中——一场关乎忠义与命运的江户风云就此拉开帷幕。

第八代将军吉宗执政之时。相马藩士丹下左马之介奉命杀死自己的密友、藩内奸细神岛小十郎，事后，左马之介又遭暗算，右眼受伤、右臂被斩…… 　　一天，柳生藩受到命令，承担修复日光东照宫的任务。这实际上是将军身边的臣子愚乐老人企图吞掉柳生藩的奸计。焦急不已的藩主对马守得知家中有一个藏有黄金一百万两的宝罐，有了它定能顺利动工。 　　而此罐在对马守的弟弟源三郎处，在护罐回藩的路上，对马守的人马遭遇愚乐手下刺客的袭击。意外知晓宝罐秘密的小偷与吉和阿藤，趁乱得手。就在这时，一名身着白衣自称是丹下左膳的独眼独臂浪人，突然现身，并和与吉、阿藤，一块带着宝罐消失了。 　　愚乐得知后，命对马守必须带着宝罐出席五日后举行的宽永寺院大茶会。源三郎立即派人寻找宝罐。另一边，左膳带着一个假罐子，找到愚乐，并换回一百两钱。 　　这时，左膳在还是左马之介时候的恋人萩乃，闻讯找上门来，她的出现引起了阿藤的嫉妒。于是，她带上真的宝罐，去找愚乐。左膳赶去时，与吉和阿藤被当作人质捉拿，危机关头，被源三郎救下。 　　左膳答应源三郎，一定会赶在茶会举行当天拿回宝罐。不久，已是宽永寺院大茶会之日，左膳在与吉和阿藤的帮助下，杀出一条血路，并登上五重塔，大声戳穿了愚乐老人的计谋。大冈越前守听罢，与左膳约定，只要他离开江户，就宽恕与吉和阿藤。至此，愚乐机关算尽终自灭，柳生藩也度过了危难……左膳则大步朝着江户城外走去。

恩師、小野先生暗殺されるの知らせを聞いた神子上源四郎は兵法修業の旅から急ぎ江戸へ帰った。将軍家狩猟場駒場野において、小野先生逝き後柳生へ走った小野道場の四天王と遭遇、一瞬のうちに四剣士を倒した。源四郎は駒場野のはずれにある古びた屋敷を訪れ食を乞うが、応待に出た娘美音の仄白い横顔に自分と同じ孤独の影を見出した。その時、源四郎は美音の姉糸耶に襲われるが軽くかわして去った。江戸に入った源四郎は、老爺を馬蹄にかけた若衆を取り押さえた。それは将軍家の妹、加寿姫だった。その夜、源四郎は孤児の彼を育てあげた養い親松平伊豆守の屋敷を尋ね、小野先生暗殺の裏には、柳生一門と幕府大奥の癌春日局の力が動いていることを知った。更に伊豆守から春日局の暗殺を頼まれる。この時源四郎は、天井裏に潜む卍の黒兵衛という稀代の怪盗を捕えた。黒兵衛は、源四郎の人柄に惚れて家来になった。折から春日局は大奥の女中を率いて駒場野にうずら狩りを催す。源四郎より一瞬早く、局に向って糸耶が狙撃した。柳生一門に囲まれた糸耶を源四郎は青松寺に救出した。そこで、小野道場の跡を継いだ高垣弥九郎から果し合いを申し込まれ、弥九郎の片足を斬り落した。弥九郎から小野先生暗殺の下手人が柳生但馬であると教えられた源四郎は、但馬守を襲うが捕えられて牢に入れられる。その時但馬守から、下手人は風早竜馬という浪人者であることを知らされた。源四郎は、牢内で原主水というキリシタンと会い、吉原の京紅屋にいるという娘紅葉太夫に遺品の十字架を託された。その夜、黒兵衛の機智によって救出された源四郎は紅葉太夫に遺品を届けた。竜馬は源四郎に兵法者として決闘状をつきつけた。その上、黒兵衛、紅葉太夫を殺害、美音を吉原に売りとばし糸耶を人質にした。これを知った源四郎は、京紅屋から美音を身請けし竜馬との決闘の場駒場野へ向った。夜明け、木枯吹きすさぶ駒場野－－源四郎は高垣弥九郎ら小野道場の一派を斬り捨て竜馬と対決した。しかし源四郎の破邪の剣は一瞬のうちに竜馬を二つに割っていた。